澳門特別行政區成立後，設立了作為第二級法院的中級法院並由其行使《基本法》和《司法組織綱要法》賦予的審判權。 根據法律有關原有法規中的名稱或詞句的解釋等規定，原“高等法院”應相應地解釋為中級法院。 澳门特別行政区中級法院法官編制共有九名，但現時只有七名法官。澳门特別行政区中級法院由一個具管轄權審判刑事性質案件的刑事訴訟案件分庭，以及一個具管轄權審判其他案件的分庭組成(現在仍未設立)。在審判案件時以評議會及聽證會的方式運作，除《司法組織綱要法》、《司法官通則》及訴訟法另有規定外，其運作由規章規範。 按《司法組織綱要法》規定，中級法院內所有行政、稅務及海關等案件均分發予法官委員會預先指定的兩名法官。 參與評議會及聽證會的實體有：院長(作為裁判書制作人或助審法官)、兩名法官及訴訟法律規定的實體；或院長(不作為裁判書制作人或助審法官)、三名法官及訴訟法律規定的實體，法律另有規定者除外。

澳門特別行政區成立後，設立了組成第一審法院的初級法院及行政法院，並由其行使《基本法》賦予的審判權。此外，《基本法》亦規定初級法院可根據需要設立若干專門法庭，並繼續保留原刑事起訴法庭的制度。因此，現時初級法院亦包括刑事起訴法庭。 根據法律有關原有法規中的名稱或詞句的解釋等規定，原“平政院”應相應地解釋為行政法院。 行政法院現有一名法官。 對行政法院辦事處的監管權由屬該法院編制的法官負責，並由其擔任《司法組織綱要法》－第9/1999號法律第三十三條第四款第（二）項至第（五）項規定的相應職務。該等職務由年資最久的法官開始及按年資順序輪流擔任，為期三年。 行政法院在審判案件時以合議庭或獨任庭方式運作。如無特別法律規定，法院則以由一名法官組成的獨任庭審理案件。 合議庭的組成有：由法官委員會預先指定的合議庭主席主持審判、負責卷宗的法官及另一名由法官委員會預先指定的法官。

隨著澳門特別行政區的成立，根據《基本法》的規定設立了終審法院並由其行使特別行政區享有的終審權。澳门特別行政区終審法院為法院等級中的最高機關。 終審法院在審判案件時以評議會及聽證會的方式運作，除《司法組織綱要法》、《司法官通則》及訴訟法另有規定外，其運作由規章規範。 參與評議會及聽證會的實體有：院長（作為助審法官）、獲分發卷宗的法官（作為裁判書制作人）、另一名助審法官（按年資順序排在裁判書制作人之後的在職法官）及訴訟法律規定的實體，但法律另有規定者除外。 裁判書制作人可行使法律規定的權限及擔任訴訟法律所賦予的其他職務。 評議會及聽證會根據排案表召開，通常在星期三舉行，但院長有特別決定除外。載有會議日期及時間的排案表將提前張貼在法院大堂以供查閱。 除法律另有規定，終審法院的會議不公開。但經聽取出席法官的意見後，院長可將法院裁判結果告知社會傳播媒介。

澳門特別行政區成立後，設立了組成第一審法院的初級法院及行政法院，並由其行使《基本法》賦予的審判權。此外，《基本法》亦規定初級法院可根據需要設立若干專門法庭，並繼續保留原刑事起訴法庭的制度。因此，現時初級法院亦包括刑事起訴法庭。 根據法律有關原有法規中的名稱或詞句的解釋等規定，原“普通管轄法院”應相應地解釋為初級法院。 現時初級法院內除設有行政中心、三個民事法庭、四個刑事法庭和一個輕微民事案件法庭外，為方便市民及其他訴訟參與人了解法院的運作及解答有關法院發出的司法文書的問題，特設初級法院詢問處為廣大市民服務。 初級法院在審判案件時以合議庭或獨任庭方式運作。如無特別法律規定，法院則以由一名法官組成的獨任庭審理案件。 合議庭的組成有：主持審判的合議庭主席、負責卷宗的法官及另一名由法官委員會預先指定的法官。

澳門特別行政區成立後，設立了組成第一審法院的初級法院及行政法院，並由其行使《基本法》賦予的審判權。此外，《基本法》亦規定初級法院可根據需要設立若干專門法庭，並繼續保留原刑事起訴法庭的制度。因此，現時初級法院亦包括刑事起訴法庭。 刑事起訴法庭設有行政中心及兩個分庭。 刑事起訴法庭共有兩名法官。 對刑事起訴法庭辦事處的監管權由屬該法庭編制的法官負責，並由其擔任《司法組織綱要法》－第9/1999號法律第三十三條第四款第（二）項至第（五）項規定的相應職務。該等職務由年資最久的法官開始及按年資順序輪流擔任，為期三年。 刑事起訴法庭主要在刑事偵查方面行使審判職能、進行預審以及就是否起訴作出裁判，並負責執行徒刑及收容保安處分方面的司法工作。